Zamieszkany od czasów prehistorycznych Butrint był siedzibą greckiej kolonii, rzymskiego miasta i biskupstwa. Po okresie dobrobytu pod administracją bizantyjską, a następnie krótkiej okupacji przez Wenecjan, miasto zostało opuszczone w późnym średniowieczu, gdy na tym obszarze utworzyły się bagna. Obecne stanowisko archeologiczne jest składowiskiem ruin reprezentujących każdy okres rozwoju miasta.
